Hingga tahun 1982, Universitas Muhammadiyah Jakarta (UMJ) memiliki lima Fakultas dengan sebuah fakultas eksakta, yaitu Fakultas Teknik. Namun berdasarkan persyaratan yang ditetapkan oleh Pemerintah, bahwa suatu universitas harus memiliki minimal dua buah fakultas eksakta. Oleh karena itu UMJ perlu membuka sebuah fakultas eksakta yang baru. Dengan mempertimbangkan misi Muhammadiyah dan saran pihak Koordinator Perguruan Tinggi Swasta (KOPERTIS) Wilayah II (Kini KOPERTIS Wilayah III) (Girindo Pringgodigdo, SH.), maka fakultas yang didirikan adalah Fakultas Pertanian.

Berdasarkan Surat Rektor UMJ (Ir. H. Omar Tusin, SE) Nomor : 189/UMJ/IX/1982, tanggal 20 September 1982 secara resmi Fakultas Pertanian berdiri dengan susunan perangkat Pimpinan Dekanat sebagai berikut:

1. D e k a n : Ir. Mashoed Sosrohardjo
2. Pembantu Dekan I  : Ir. Mashoed Sosrohardjo
3. Pembantu Dekan II : Ir. Ahmad Nasroh Kuswadi 
4. Pembantu Dekan III : Ir. Tjetje Suryosaputro
5. Pembantu Dekan IV : Drs. H. Peunoh Daly (Pjs.)

Tidak lama berselang, Ir. Mashoed Sosrohardjo telah berpulang ke Rahmatullah sehingga selaku pejabat Dekan dipegang oleh Ir. H. Omar Tusin, SE. (Rektor UMJ). Pada tahun 1983 terjadi penyempurnaan perangkat Pimpinan Fakultas Pertanian. Periode Pimpinan Fakultas ini (1983-1985) terdiri dari :

1. D e k a n : Moeh. Roeslan, M.Sc.
2. Pembantu Dekan I  : Ir. Ahmad Nasroh Kuswadi
3. Pembantu Dekan II : Ir. Tjetje Suryosaputro
4. Pembantu Dekan III : Drh. Muchson Arifin
5. Pembantu Dekan IV : Drs. H. M. Yusuf Asry

Pada tahun 1985 ditetapkan kembali perangkat Pimpinan Dekanat Fakultas Pertanian sebagaimana tersebut di atas, dan ini berlaku hingga tahun 1988. Dalam periode ini terjadi perubahan kepemimpinan, yaitu tahun 1987 Pembantu Dekan I diganti Ir. Multini KSKP (Pjs.) dan tahun 1988 Pembantu Dekan II diganti Moeh. Roeslan, M.Sc. (Pjs.) (Dekan Fakultas Pertanian) dikarenakan Pembantu Dekan II Ir. Tjetje Suryosaputro telah berpulang ke Rahmatullah. Selanjutnya pada tahun 1988, diangkat perangkat Pimpinan Fakultas Pertanian Periode 1988–1991 sebagai berikut :

1. D e k a n : Moeh. Roeslan, M.Sc.
2. Pembantu Dekan I  : Ir. Multini KSKP
3. Pembantu Dekan II : Dra. Rismawarni Marshal
4. Pembantu Dekan III : Drh. Muchson Arifin
5. Pembantu Dekan IV : Drs. H. M. Yusuf Asry

Pimpinan Fakultas Pertanian Periode 1991 – 1993:

1. D e k a n : Ir. Multini KSKP
2. Pembantu Dekan I  : Ir. Sam Sumastono
3. Pembantu Dekan II : Dra. Rismawarni Marshal
4. Pembantu Dekan III : Ir. Hilmi Ridwan Kasmir, MS.
5. Pembantu Dekan IV : Drs. H. M. Yusuf Asry

Pimpinan Fakultas Pertanian Periode 1994 – 1997:

1. D e k a n : Ir. Multini KSKP
2. Pembantu Dekan I  : Ir. Helvi Nurzaini
3. Pembantu Dekan II : Ir. Sam Sumastono
4. Pembantu Dekan III : Ir. Sularno
5. Pembantu Dekan IV : Dr. H. Thamrin Djamin Chaniago, M.Sc

Pimpinan Fakultas Pertanian Periode 1997 – 2000:

1. D e k a n : Prof. Dr. Ir. Wahju Qamara Mughnisjah, M.Agr 
2. Pembantu Dekan I  : Ir. Helvi Nurzaini
3. Pembantu Dekan II : Ir. Helfi Gustia
4. Pembantu Dekan III : Ir. Sudirman
5. Pembantu Dekan IV : Ir. Sukrianto

Pimpinan Fakultas Pertanian Periode 2000 – 2004:

1. D e k a n : Ir. Endang Sjamsudin, M.Agr.Sc.
2. Pembantu Dekan I  : Ir. Junaidi, M.Si.
3. Pembantu Dekan II : Ir. Elfarisna, M.Si.
4. Pembantu Dekan III : Ir. Sudirman
5. Pembantu Dekan IV : Ir. Sukrianto

Pimpinan Fakultas Pertanian Periode 2004 – 2008:

1. D e k a n : Ir. Endang Sjamsudin, M.Agr.Sc.
2. Wakil Dekan  : Ir. Junaidi, M.Si.

Pimpinan Fakultas Pertanian Periode 2008 – 2012:

1. D e k a n : Ir. Junaidi, M.Si.
2. Wakil Dekan  : Ir. Sularno, M.Si.

Pada tahun 2011, Ir. Sularno, M.Si. diangkat menjadi Wakil Rektor III UMJ sehingga jabatan Wakil Dekan digantikan oleh Ir. HJ. Yati Suryati sampai habis masa jabatan tahun 2012.

Pimpinan Fakultas Pertanian Periode 2012 – 2016:

1. D e k a n : Ir. Junaidi, M.Si.
2. Wakil Dekan  : Ir. Hj. Rosdiana, M.Si.

Pada akhir tahun 2015, Ir. Junaidi, M.Si. dibebastugaskan dari jabatannya sebagai Dekan karena berstatus pegawai negeri sipil yang ditugaskan sebagai dosen tetap UIN Syarif Hidayatullah sehingga selaku pejabat Dekan digantikan oleh Ir. Hj. Rosdiana, M.Si. (Pjs.).

Pimpinan Fakultas Pertanian Periode 2016 - 2020:

1. D e k a n : Dr. Ir. Hj. Elfarisna, M.Si.
2. Wakil Dekan  : Ir. Sudirman, M.Si.